格安航空券の払い戻しにはキャンセル料がかかりますが『病気や怪我により搭乗できない場合』にはキャンセル料はかかりません



JALホームページでは以下のように説明されています
https://www.jal.co.jp/dom/change/normal.html

払い戻しの特例
お客さまご本人、またはご同行のお客さまのご病気などにより、飛行機の利用が難しい場合は医師の診断書などの提出を条件に、取消/払戻手数料をいただかずに払い戻しいたします。
詳しくはJAL国内線ご予約・ご購入・ご案内までお問い合わせください。

ANAの場合
https://contact-jp.ana.co.jp/app/answers/detail/a_id/3530

Q.【国内線】病気などの理由により予約していた便に搭乗できない場合、どうしたらいいですか。
A.お客様が病気などの理由で旅行不可能な場合、次のいずれかの特別対応をいたします。

・ 予約便出発予定日から30日間以内の便への変更を承ります。
・ 払戻手数料・取消手数料を適用せず、全額払い戻しいたします。
※ 予約の変更・取り消しは、当該便の出発前までに行ってください。
※ 病気などの理由で変更・払い戻しをする場合は、医師の診断書などの提出が必要です。
お手続きは、ANA電話窓口またはANA国内線空港カウンターにて承ります。
※ パッケージツアー・団体旅行をご利用の場合は取り扱いが異なりますので、ご購入いただいた旅行会社にお問い合わせください。

診断書の費用は2000~5000円程度。3割負担ではなく、全額自費負担となります。金額によっては、払い戻しではなく通常キャンセルをした方が安く済む場合もあります。

診断書費用の一例 
東京都文京区・慈愛病院 3240円
兵庫県宝塚市・宝塚病院 2000円

【まとめ】
診断書発行代>払戻手数料+取消手数料
→そのままキャンセル申請しましょう

診断書発行代<払戻手数料+取消手数料
→ケガや病気でキャンセル申請しましょう